علمنا في التحقيق الحقيقة ان التحقيق هو إظهار مخطوطة الكتاب الذي نحققه بالمظهر الذي يليق بها وبأهمية مادتها العلمية . ولما كنا لم نتمكن من العثور على النسخة التي كتبها المؤلف . فقد اعتمدنا على ثلاث نسخ : 1 - وهي الأصل نسخة واضحة الخط وكاملة حصلنا عليها من خزانة مكتبة الإمام أمير المؤمنين عليه السّلام العامة في النجف تحت رقم : ( 27 / 1 / 1 - علوم القرآن ) بخط نسخ جميل ولم يدرج فيها اسم الناسخ ولا سنة النسخ ولكن قدمها تبين من حيث الورق ونوع الخط ومادة الحبر المستعمل إلى ما يقارب 1050 ه - أما عدد أوراقها ( 65 ) ورقة في كل صفحة ( 17 ) سطرا ومتوسط عدد الكلمات في السطر ( 9 ) كلمات وقياسها 3 ، 19 * 3 ، 12 سم . في وجه الورقة الأول كتب ( ( هذا الكتاب يسمى بالآيات الناسخة والمنسوخة تأليف الشريف الأجل السيد الأوحد ذي المجدين وارث علوم الأنبياء والمرسلين ( صلوات الله وسلامه عليهم أجمعين ) المرتضى علم الهدى علي بن الحسين بن موسى ( قدس الله أرواحهم ) ) ) ، وفي ظهر الورقة كتب ( ( بسم الله الرحمن الرحيم ، الحمد لله العدل ذي العظمة والجبروت والعزّ والملكوت الحي الذي لا يموت . . . . الخ ) ) .